Skriptbasiertes Update auf DWH-J2EE-0.10.1 für Debian (und CentOS)

Für laufende DWH Instanzen auf Debian Servern stellen wir ein Update-Skript bereit, zu finden unter Debian Update Paket Für die Ausführung ist wichtig, dass der User als root angemeldet ist. Dazu führt man, falls der User auf der Sudoer-Liste steht (der User root hat dann meist kein eigenes Passwort), folgendes aus:

sudo su -

oder, wenn der User nicht auf der Sudoer-Liste steht (root hat eigenes Passwort), folgendes:

su -

Als erstes muss das Paket heruntergeladen werden und entpackt:

wget http://www.aktin.org/software/repo/org/aktin/dwh/dwh-update/0.10.1/dwh-update-0.10.1.tar.gz
tar xvzf dwh-update-0.10.1.tar.gz
cd dwh-update

Der Inhalt (ls) sollte dann etwa wie folgt aussehen:

dwh-update
- aktin.properties
- aktin_dwh_update.sh
- email.config
- email_config_reset.sh
- README.md
- lib/
- - ...

Das Updateskript kann wie folgt ausgeführt werden:

./aktin_dwh_update.sh

Seit dem Update 0.7 werden einige wichtige Einstellungen in der Datei aktin.properties abgespeichert. Sollten Sie diese Datei noch nicht angepasst und in den entsprechenden Ordner kopiert haben, werden Sie in der Konsole darauf hingewiesen und das Skript wird unterbrochen. In dem Fall folgen Sie bitte die Anweisungen unter “Lokale Konfigurationen in der Datei aktin.properties.

Ebenfalls seit dem Update 0.7 wird eine lokale E-Mailadresse verwendet, um Berichte und Meldungen an die Nutzer zu versenden. Sollte noch keine E-Mail eingestellt sein oder Sie Probleme mit dem Versenden der E-Mails haben, folgen Sie bitte die Anweisungen unter “E-Mail-Konfiguration und Änderungen”.

Der Update besteht aus 6 Schritten. In der Konsole werden während des Updates die Schritte und Informationen sowie eventuelle Fehlermeldungen ausgegeben. Am Ende des Skriptes wird der Wildfly Server neugestartet und das neue Softwarepaket bereitgestellt. Abhängig von der Serverleistung kann dies mehrere Minuten dauern. Bei erfolgreicher Installation kommt folgende Meldung: +++SUCCESS+++ EAR successfully deployed after xxx sec

Häufige Fehler

Sollte die Bereitstellung bis Skriptende immer noch nicht fertiggestellt sein, kommt folgende Fehlermeldung:

+++WARNING+++ file not successfully deployed, check for file: dwh-j2ee-0.10.1.ear.deployed

Dies muss kein Fehler sein. Das Script wartet nur zwei Minuten und gibt dann die Warnung aus. Bitte überprüfen Sie nach einigen Minuten den Deployment-Ordner /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/deployments, z.B. mit dem Befehl

ls /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/deployments/dwh-j2ee-*.deployed

Sollte eine Datei angezeigt werden, war das Update erfolgreich.

Test der Verbindung und E-Mail-Konfiguration

Unter dem Link http://IPADRESSE/aktin/admin/plain/test.html kann man die oben durchgeführten Anpassungen nun testen.

Test server configuration Der erste Button testet die Erreichbarkeit des zentralen AKTIN-Broker. Der lokale Server übersendet dem zentralen Brokernur Statusinformationen wie die Serverversion und Aktivität. Der zweite Button testet die oben eingerichtete E-Mail-Adresse. Diese sendet nun eine E-Mail an die in aktin.properties angegebene Ziel-Adresse. Der dritte Button testet die R Bibliotheken. Diese werden zur Erzeugung der Berichte verwendet.

Test server configuration Sollte der E-Mail-Test fehlschlagen und das Textfeld zeigt keine grüne Erfolgsmeldung wie in dem obigen Bild, sondern Fehlermeldungen, könnte dies ein Hinweis auf fehlerhafte E-Maile-Einstellung sein. In dem Fall muss man die E-Mail-Konfiguration ändern wie in Abschnitt “E-Mail-Konfiguration und Änderungen” und die Softwarepakete erneut laden.

Test server configuration Sollten weitere Probleme entstehen, kontaktieren Sie uns bitte unter it-support(at)aktin.org

Lokale Konfigurationen in der Datei aktin.properties

Die Datei aktin.properties muss für jeden Standort individuell angepasst werden.

nano aktin.properties

Wichtig ist local.email, wo die E-Mail-Adresse eingetragen wird, an die die Berichte und Meldungen geschickt werden sollen. Es ist auch möglich eine Komma-separierte Liste von E-Mailadressen anzugeben, an die der Bericht gesendet werden soll (wie z.B. alle Oberärzte der Notaufnahme).

Auch sollten Sie unter broker.keys den alphanumerischen API-Key eintragen, der Ihnen zugesendet wurde. Sollten Sie noch keinen Key bekommen haben, melden Sie sich bitte bei it-support(at)aktin.org.

Welche Wirkung die Angaben haben, finden Sie in diesem Abschnitt weiter unten in der Template-Datei.

Nach Bearbeiten der Datei muss diese in den Konfigurationsordner des Wildfly-Servers kopiert werden, im Normalfall unter /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/.

cp aktin.properties /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/

Sollte später die Einstellung geändert werden, muss man dies direkt in dem Wildfly-Konfigurationsordner machen, im Normalfall unter /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/ zu finden, und im Anschluss den Wildfly Service neugestartet werden:

nano /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/aktin.properties
service wildfly stop
service wildfly start

Template-Datei für aktin.properties

# Currently not used, may be changed (Name of the installation)
local.cn=AKTIN DWH
# Used in AKTIN reports, should contain the name of the Organization (Hospital)
local.o=Ev. Klinikum Beispielhausen
# Used in AKTIN reports, should contain the name of the Unit (Notaufnahme, Rettungsstelle, ZNA, etc.)
local.ou=Notaufnahme
# Town / Stadt
local.l=Beispielhausen
# State / Bundesland
local.s=Niedersachen
# Country / Staat
local.c=Deutschland
# default E-Mail-Address for notifications, reports (non technical); multiple Adresses possible (comma separated in one line)
local.email=zna-contact@klinikum-beipielhausen.de
local.tz=Europe/Berlin
# Language tag according to IETF BCP 47. If not defined, the system language will be used.
local.language=de-DE
# Korrektur der Server URL (der Emails)
# local.server.url=http://IhrServerUrlOderIp/
# location of the R standalone executable
rscript.binary=/usr/bin/Rscript
# needed for read/write access to the i2b2 database
i2b2.project=AKTIN
i2b2.datasource.crc=java:/QueryToolDemoDS
# needed for i2b2 authentication and user management
i2b2.service.pm=http://localhost:9090/i2b2/services/PMService/
i2b2.service.domain=i2b2demo
# TODO create dir /var/lib/aktin and chown to wildfly
report.data.path=/var/lib/aktin/reports
report.temp.path=/var/tmp/report-temp
report.archive.path=/var/lib/aktin/report-archive
broker.data.path=/var/lib/aktin/broker
broker.archive.path=/var/lib/aktin/broker-archive
broker.uris=https://broker.aktin.org/broker/
broker.intervals=PT15M
# Used in AKTIN to connect to the broker, you can get your API key from it-support@aktin.org
broker.keys=XXXyourapikeyXXX
db.datasource=java:jboss/datasources/AktinDS
email.session=java:jboss/mail/AktinMailSession
email.replyto=it-support@aktin.org
wildfly.management.url=http://localhost:19990/management
wildfly.management.user=admin
wildfly.management.password=admin2

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E-Mail-Konfiguration und Änderungen

Bitte tragen Sie in der Datei email.config die E-Mail-konfigurationen für die Ausgangsmailadresse ein. Diese Adresse wird für Benachrichtigungen und Berichte hausintern verwendet. Dies sollte eine dedizierte E-Mail-Adresse (Dienstkonto mit festem Passwort) sein. Eine funktionstüchtige E-Mail-Adresse ist Voraussetzung für dieses Update.

Wenn Sie Änderungen an der bereits eingestellten E-Mail vornehmen möchten, rufen führen Sie bitte folgende Schritte durch. Bitte beachten Sie, dass die aktuellen Einstellungen nicht in email.config zu finden sind. Diese entnehmen Sie bitte Ihre eigenen Daten oder den vorherigen Installationsskripte.

Bitte öffnen Sie email.config, auf dem Server oder an Ihrer Arbeitsrechner und laden die Datei dann hoch.

nano email.config

In dieser Datei werden die Einstellungen für den Versand von E-Mails konfiguriert. Hierbei muss man besonders auf die Einstellungen des Mailservers achten und usessl und usetls richtig setzen, dementsprechend auch den smtpport.

Sollten Sie bereits E-Mail eingerichtet haben und möchten diese nun ändern, müssen die folgenden Schritte zusätzlich durchgefführt werden:

Als erstes muss das Skript ./email_config_reset.sh aus dem Updateordner mit root Rechten ausgeführt werden. Nach dem Bearbeiten der email.config führt man das Updateskript ./aktin_dwh_update.sh wieder mit root aus.

Template-Datei für E-Mail-Konfiguration email.config

#
#     change mail server configuration here
#
#     mail server name
#
smtphost=smtp.web.de
#
#     mail server port, e.g. 465 (SSL) or 587 (TLS)
#
smtpport=587
#
#     user name for authentication
#
smtpuser=aktin-test@web.de
#
#     password for authentication
#
smtppass=password
#
#     email address (from)
#
mailfrom=aktin-test@web.de
#
#     security configuration, only one of ssl/tls can be used
#
usessl=false
usetls=true

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