Skriptbasiertes Update auf DWH-J2EE-0.7.2 für Debian (und CentOS)
Für laufende DWH Instanzen auf Debian Servern stellen wir ein Update-Skript bereit, zu finden unter Debian Update Paket Für die Ausführung ist wichtig, dass der User als root angemeldet ist. Dazu führt man, falls der User auf der Sudoer-Liste steht (der User root hat dann meist kein eigenes Passwort), folgendes aus:
sudo su -
oder, wenn der User nicht auf der Sudoer-Liste steht (root hat eigenes Passwort), folgendes:
su -
Als erstes muss das Paket heruntergeladen werden und entpackt:
wget http://www.aktin.org/software/repo/org/aktin/dwh/dwh-update/0.7/dwh-update-0.7.tar.gz tar xvzf dwh-update-0.7.tar.gz cd dwh-update
Der Inhalt (ls) sollte dann etwa wie folgt aussehen:
dwh-update - aktin.properties - aktin_dwh_update.sh - email.config - email_config_reset.sh - README.md - lib/ - - ...
In diesem Update werden einige wichtige Einstellungen durchgeführt. Dazu müssen Sie die Datei aktin.properties anpassen. Welche Angaben genau geändert werden müssen und wie diese verwendet werden, können Sie dem Abschnitt “Lokale Konfigurationen in der Datei aktin.properties” entnehmen.
nano aktin.properties
Besonders wichtig sollten Sie die Daten hinter local.email (Zeile 14) sowie broker.keys (Zeile 31) ändern. Diese bestimmen einmal, an welche E-Mailadresse die Berichte und Meldungen gesendet werden, und wie sich der lokale Server bei dem Broker-Server authentifiziert. Sie sollten einen alphanumerischen API-Key für broker-keys von uns per E-Mail zugesandt worden sein. Sollten Sie keins erhalten haben, bitte melden Sie sich bei it-support(at)aktin.org.
Nach Bearbeiten der Datei muss diese in den Konfigurationsordner des Wildfly-Servers kopiert werden, im Normalfall unter /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/.
cp aktin.properties /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/
In der Datei email.config tragen Sie bitte die E-Mail-konfigurationen für die Ausgangsmailadresse ein. Diese Adresse wird für Benachrichtigungen und Berichte hausintern verwendet. Dies sollte eine dedizierte E-Mail-Adresse (Dienstkonto mit festem Passwort) sein. Eine funktionstüchtige E-Mail-Adresse ist Voraussetzung für dieses Update. Eine Beschreibung des Inhalts von email.config sowie eine Möglichkeit für spätere Änderungen entnehmen Sie bitte dem Abschnitt “E-Mail-Konfiguration und Änderungen”
nano email.config
Nun kann das Updateskript ausgeführt werden:
./aktin_dwh_update.sh
Dieses besteht aus 6 Schritten. In der Konsole werden während des Updates die Schritte und Informationen sowie eventuelle Fehlermeldungen ausgegeben. Am Ende des Skriptes wird der Wildfly Server neugestartet und das neue Softwarepaket bereitgestellt. Abhängig von der Serverleistung kann dies mehrere Minuten dauern. Sollte die Bereitstellung bis Skriptende immer noch nicht fertiggestellt sein, kommt folgende Fehlermeldung:
+++WARNING+++ file not successfully deployed, check for file: dwh-j2ee-0.7.2.ear.deployed
Dies muss kein Fehler sein. Das Script wartet nur zwei Minuten und gibt dann die Warnung aus. Bitte überprüfen Sie nach einigen Minuten den Deployment-Ordner /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/deployments, z.B. mit dem Befehl
ls /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/deployments/dwh-j2ee-*.deployed
Sollte eine Datei angezeigt werden, war das Update erfolgreich.
Test der Verbindung und E-Mail-Konfiguration
Unter dem Link http://IPADRESSE/aktin/admin/test/ kann man die oben durchgeführten Anpassungen nun testen.
Der erste Button testet die Erreichbarkeit des zentralen Aktin-Broker. Der lokale Server übersendet dem zentralen Broker nur Statusinformationen wie die Serverversion und Aktivität. Der zweite Button testet die oben eingerichtete E-Mail-Adresse. Diese sendet nun eine E-Mail an die in aktin.properties angegebene Ziel-Adresse. Der dritte Button testet die R Bibliotheken. Diese werden zur Erzeugung der Berichte verwendet.
Sollte der E-Mail-Test fehlschlagen und das Textfeld zeigt keine grüne Erfolgsmeldung wie in dem obigen Bild, sondern Fehlermeldungen, könnte dies ein Hinweis auf fehlerhafte E-Maile-Einstellung sein. In dem Fall muss man die E-Mail-Konfiguration ändern wie in Abschnitt “E-Mail-Konfiguration und Änderungen” und die Softwarepakete erneut laden.
Sollten weitere Probleme entstehen, kontaktieren Sie uns bitte unter it-support(at)aktin.org
Lokale Konfigurationen in der Datei aktin.properties
Template-Datei für aktin.properties
# Currently not used, may be changed (Name of the installation) local.cn=AKTIN DWH # Used in AKTIN reports, should contain the name of the Organization (Hospital) local.o=Ev. Klinikum Beispielhausen # Used in AKTIN reports, should contain the name of the Unit (Notaufnahme, Rettungsstelle, ZNA, etc.) local.ou=Notaufnahme # Town / Stadt local.l=Beispielhausen # State / Bundesland local.s=Niedersachen # Country / Staat local.c=Deutschland # default E-Mail-Address for notifications, reports (non technical) local.email=zna-contact@klinikum-beipielhausen.de local.tz=Europe/Berlin rscript.binary=/usr/bin/Rscript # needed for read/write access to the i2b2 database i2b2.project=AKTIN i2b2.datasource.crc=java:/QueryToolDemoDS # needed for i2b2 authentication and user management i2b2.service.pm=http://localhost:8080/i2b2/services/PMService/ # TODO create dir /var/lib/aktin and chown to wildfly report.data.path=/var/lib/aktin/reports report.temp.path=/var/tmp/report-temp report.archive.path=/var/lib/aktin/report-archive broker.data.path=/var/lib/aktin/broker broker.archive.path=/var/lib/aktin/broker-archive broker.uris=https://broker.aktin.org/broker/ broker.intervals=PT15M # Used in AKTIN to connect to the broker, please get your API key from it-support@aktin.org broker.keys=XXXyourapikeyXXX db.datasource=java:jboss/datasources/AktinDS email.session=java:jboss/mail/AktinMailSession email.replyto=it-support@aktin.org wildfly.management.url=http://localhost:19990/management wildfly.management.user=admin wildfly.management.password=admin2
Besonders wichtig ist local.email, wo die E-Mail-Adresse eingetragen wird, an die z.B. die Monatsberichte geschickt werden sollen. Es ist auch möglich eine Komma-separierte Liste von E-Mailadressen anzugeben, an die der Bericht gesendet werden soll (wie z.B. alle Oberärzte der Notaufnahme).
Sollte später die Einstellung geändert werden, muss man dies direkt in dem Wildfly-Konfigurationsordner machen, im Normalfall unter /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/ zu finden, und im Anschluss den Wildfly Service neugestartet werden:
nano /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/aktin.properties service wildfly stop service wildfly start
E-Mail-Konfiguration und Änderungen
Template-Datei für E-Mail-Konfiguration email.config
# # change mail server configuration here # # mail server name # smtphost=smtp.web.de # # mail server port, e.g. 465 (SSL) or 587 (TLS) # smtpport=587 # # user name for authentication # smtpuser=aktin-test@web.de # # password for authentication # smtppass=password # # email address (from) # mailfrom=aktin-test@web.de # # security configuration, only one of ssl/tls can be used # usessl=false usetls=true
In dieser Datei werden die Einstellungen für den Versand von E-Mails konfiguriert. Hierbei muss man besonders auf die Einstellungen des Mailservers achten und usessl und usetls richtig setzen, dementsprechend auch den smtpport.
Sollte die Einstellungen nach dem Update nochmals geändert werden, müssen die folgenden Schritte durchgeführt werden:
Als erstes muss das Skript ./email_config_reset.sh aus dem Updateordner mit root Rechten ausgeführt werden. Nach dem Bearbeiten der email.config führt man das Updateskript ./aktin_dwh_update.sh wieder mit root aus.